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細胞在發生凋亡時，會激活一些DNA內切酶，這些內切酶會切斷核小體間的基因組DNA。細胞凋亡時抽提DNA進行電泳檢測，可以發現180-200bp的DNA ladder。基因組DNA斷裂時，暴露的3’-OH可以在末端脫氧核苷酸轉移酶(Terminal Deoxynucleotidyl Transferase, TdT) 的催化下加上熒光素 (FITC) 標記的dUTP (fluorescein-dUTP) ，從而可以通過熒光顯微鏡或流式細胞儀進行檢測，這就是TUNEL (TdT-mediated dUTP Nick-End Labeling) 法檢測細胞凋亡的原理。
Tunel染色
（1） 脫蠟：65℃、30min；二甲苯I 10min、二甲苯II 10min ；
（2）水化：將脫蠟后的切片經100%酒精、95%酒精、85%酒精、75%酒精、雙蒸水各3min ；
（3）消化：將玻片浸入胰蛋白酶內消化40分鐘，PBS洗3min×3次。
（4）制備TUNEL反應混合液。
（5）加50μl TUNEL反應混合液于標本上，加蓋玻片或封口膜在暗濕盒中反應37℃反應1h；PBS洗3min×3次。
（6）加50ul POD于標本上，加蓋玻片或封口膜在暗濕盒中反應37℃×30min，PBS洗3min×3次。
（7）DAB染色3-10min，自來水沖洗，蘇木素復染， 1%鹽酸酒精分化，顯微鏡下觀察，控制染色程度。
（8）脫水：75%酒精、85%酒精、95%酒精、100%酒精，逐級脫水、各3min.
（9）透明：二甲苯透明3min×2次。
（10）中性樹膠封片。
注：
以上是石蠟包埋樣本的處理方式
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